Erbaut wurde die heutige Pfarrkirche um 1530 nachdem die ältere "Enzo-Kirche", eine Eigenkirche des 11. Jahrhunderts, abgerissen wurde. Eine Inschrift auf dem Weihwasserkessel am Südportal lässt auf den Probst Lambertus I.Pogner als Erbauer schließen, dessen Kloster Suben gemeinsam mit dem Stift St. Nikola die Kirche finanzierten. Als Reminiszenz an das genannte Stift ist das Patronat des hl. Nikolaus gedacht. Typisch für ihre Entstehungszeit ist die spätgotische Architektur, die man am Rippengewölbe und den spitzbogigen Kirchenfenstern, wie jenem aus Sandstein gefertigten an der Nordseite, erkennen kann. Im 17. Jahrhundert erfolgte eine Barockisierung, wobei das ursprüngliche Spitzdach entfernt und durch einen achteckigen Turmaufsatz mit Zwiebeldach ersetzt wurde. An der Ostseite der Kirche unter dem Sgraffito des hl. Nikolaus von dem Maler Martin Schachl, befindet sich eine Gedenktafel an Bonaventura Schwanthaler, einem Sprössling aus der berühmten Innviertler Künstlerfamilie, der von 1721 bis 1744 Schulmeister Enzenkirchens war und von dem noch drei Ölbergfiguren im Kircheninventar zu finden sind.
